哥伦比亚的前哥伦布时期历史比大多数游客意识到的要复杂得多。该国是数百个不同土著文明的家园，最著名的是波哥大萨凡纳的穆伊斯卡人——他们引发了黄金国的传说。穆伊斯卡酋长用金粉覆盖自己并涉入瓜塔维塔湖献祭的仪式是引发几代欧洲冒险者进入丛林寻找黄金城市的起源。真正的黄金——而且有非凡的真实黄金——现在在波哥大的黄金博物馆，该博物馆拥有世界上最大的前哥伦布黄金工艺收藏。
圣玛尔塔山脉的泰罗纳文明在公元800年左右建造了Ciudad Perdida（失落之城）——早于马丘比丘六个世纪。当西班牙征服者在1520年代到来时，他们发现了一个人口稠密的领土，拥有复杂的农业梯田、道路网络和黄金冶炼。征服残酷而迅速。到1550年，主要人口中心已被征服，殖民项目开始了。
哥伦比亚——当时称为新格拉纳达——成为西班牙殖民体系的主要节点。印度卡塔赫纳是南美黄金和白银运往西班牙的主要港口，该市因此被筑造成度仍可见于其非凡城墙。该港口还处理了大量被运往内陆矿场和种植园工作的被奴役的非洲人——这一历史嵌入在今天加勒比海岸的人口统计、文化和音乐中。
独立于1810-1819年通过西蒙·玻利瓦尔领导的漫长而血腥的战役到来，他出生在现在的委内瑞拉，但他的决定性军事战役主要通过哥伦比亚进行。1819年8月7日的博亚卡战役确保了哥伦比亚的独立，玻利瓦尔成为不仅仅哥伦比亚，还包括委内瑞拉、厄瓜多尔、玻利维亚和秘鲁的创始人物。波哥大城市以巨大的民族自豪庆祝这一日期。
20世纪的定义性暴力以两波形式出现。La Violencia（1948-1958年），由民粹主义领袖豪尔赫·埃利塞·盖坦的暗杀引发，在自由党和保守党派系之间的内战中杀死20万至30万人。然后是卡特尔时代、FARC游击队和准军事组织——多方冲突在其最糟糕的20世纪90年代初使麦德林成为世界上最暴力的城市（1991年麦德林200万人口中8000起凶杀案）。巴勃罗·埃斯科巴的麦德林卡特尔在其20世纪90年代巅峰时生产了世界上80%的可卡因，并产生了如此巨大的财富，以至于埃斯科巴据报道是世界上第七大富豪。
转折与巅峰同样重要。哥伦比亚安全计划、20世纪90年代和2000年代主要卡特尔的军事拆除、2016年哥伦比亚政府与FARC（最重大的武装游击组织）之间的和平协议，以及二十年来在教育、基础设施和城市更新方面的机构投资，产生了一个与最糟糕时期几乎没有相似之处的国家。麦德林的谋杀率从1991年的每10万人6349起降至近年来的约每10万人17起——仍高于大多数欧洲城市，低于许多美国城市，并且是哥伦比亚人自己以一种特定的、应得的自豪描述的轨迹的一部分。